Dans les contrées éloignées de notre monde, la magie existe toujours, incarnée dans les esprits de la terre, du ciel et de la nature.
Spirit Island est un jeu coopératif pour 1 à 4 joueurs dans lequel chaque joueur incarne un Esprit de la nature, défendant son île contre des Envahisseurs qui n’ont aucun égard pour le bien être de cette terre ou de ses habitants, les Dahans.

À chaque tour, tous les Esprits jouent simultanément, utilisant leurs Pouvoirs pour repousser les Envahisseurs, défendre l’île, et venir en aide aux Dahans. 
Mais, des siècles de quiétude ont affaibli les Esprits qui débutent la lutte fragiles et limités. Ils devront vite regagner leurs pouvoirs afin de contenir ces Envahisseurs (gérés automatiquement par le jeu) qui progressent très rapidement sur l’île et y établissent de nombreux campements, propageant toujours plus la Ruine dans leur sillage. 
Pour l’emporter, les Esprits (avec l’aide des Dahans) devront détruire ces Envahisseurs et chasser les éventuels survivants. 
Cependant, si l’île succombe à la Ruine, si l’un des Esprits est totalement détruit ou si les Envahisseurs parviennent à bâtir des retranchements, l’île sera perdue, tout comme la partie.