La ligne Tōkaidō du Shinkansen a commencé à être construite en 1959 dans le but d’inaugurer le train le plus rapide de l’époque, juste avant les Jeux olympiques de Tokyo de 1964.

Dans Shinkansen Zero-Kei, les joueurs endossent le rôle de ses constructeurs. Ils prendront en charge la construction de cette ligne ferroviaire historique et de toutes les stations correspondantes. Ils pourront également aider les sites olympiques dans leur préparation pour les Jeux. Le joueur qui se montrera le plus efficace dans son rôle sera déclaré vainqueur.

À chaque tour d’une partie de Shinkansen, vous construirez votre propre train à grande vitesse. Chaque carte wagon que vous ajoutez à votre train vous apporte une action ou une capacité. Ces actions permettent principalement de construire des voies et des gares, de collaborer à la préparation des sites olympiques et d’obtenir de nouvelles cartes wagon. Ces dernières sont associées aux villes traversées par la ligne. Si vous parvenez à les construire dans le bon ordre, à vous les points de victoire.